従業員が病気やケガで突然休職することになったとき、会社として何をすべきかわからず、手続きが後手に回ってしまうケースは少なくありません。特に中小企業では専任の人事担当者がいないことも多く、「初めて休職者が出た」という状況で担当者が一人で対応に追われることもあります。
給与はどう扱うのか、社会保険料の処理はどうなるのか、傷病手当金の申請書類は誰が何をすればよいのか——こうした疑問が重なり、対応が遅れると従業員本人に不利益が生じるだけでなく、会社への不信感やトラブルにつながるリスクもあります。
本記事では、休職が発生したときに会社側が行うべき給与・保険関連の手続きを、発生順に整理してわかりやすく解説します。制度の仕組みを正しく理解し、スムーズな対応ができるよう、ぜひ最後までお読みください。
休職制度の基本と就業規則の確認から始める
まず押さえておきたいのは、休職制度は法律で義務付けられたものではないという点です。労働基準法には休職制度を設けることを強制する規定はなく、制度の設計・運用は各企業の就業規則に委ねられています。
ただし、常時10人以上の従業員を雇用する事業場は、労働基準法第89条により就業規則の作成が義務付けられており、休職・復職に関する事項もその記載対象となります。つまり、休職制度の運用は就業規則の規定が基盤になります。
就業規則に以下の項目が明記されているかどうかを、最初に必ず確認してください。
- 休職の対象となる事由（私傷病・精神疾患・家族の介護など）
- 休職期間の上限（勤続年数に応じた設定が多い）
- 休職中の給与の扱い（無給か、一定期間有給かなど）
- 休職期間満了時の取り扱い（自動退職か、解雇かの区分）
- 復職の条件・手続き（主治医・産業医の意見書提出など）
就業規則に休職規定が整備されていない場合や、内容が曖昧な場合は、今後のトラブルを防ぐためにも速やかに見直しを行うことをお勧めします。特に休職期間満了による退職は「解雇」ではなく「自動退職」として扱われることが多いですが、この点が就業規則に明記されていなければ、後々紛争になる可能性があります。
休職開始直後に行うべき手続き一覧
休職が決まったら、できる限り速やかに（目安として1週間以内に）以下の対応を行いましょう。初動の遅れは傷病手当金の支給遅延など、従業員本人への直接的な不利益につながります。
①休職辞令・休職通知書の交付
口頭でのやり取りだけで終わらせず、休職期間・休職事由・復職の見込みなどを記載した書面を本人に交付します。後日のトラブル防止のためにも、本人の署名や受領確認を書面で残しておくことが望ましいです。
②就業規則の休職規定の説明
休職中の給与の有無、社会保険料の負担方法、復職の条件など、従業員が知っておくべき事項を書面で説明します。本人が体調不良の状態であっても、後から「知らなかった」というトラブルを防ぐために、説明内容の記録を残してください。
③傷病手当金の申請案内
業務外の傷病（私傷病）による休職の場合、健康保険の傷病手当金（詳細は次章で解説）が利用できます。申請書類の取得方法や手続きの流れを、休職開始時に本人へ案内しましょう。会社側の説明が遅れると、本人が収入ゼロの状態で不安を抱えることになります。
④給与処理と社会保険料の回収方法の確認
給与が発生しない場合でも、毎月の社会保険料（健康保険・厚生年金）は会社が一時的に全額を納付します。本人負担分（通常は給与から控除している分）をどのように回収するかを事前に取り決め、書面化しておくことが重要です。
傷病手当金の仕組みと申請手続き
傷病手当金とは、健康保険の被保険者が業務外の傷病で働けない状態になった場合に、生活保障として支給される給付金です。休職中の収入が途絶えた従業員にとって、非常に重要な制度ですので、会社側もその仕組みと手続きをしっかり理解しておく必要があります。
支給条件と支給額
傷病手当金が支給されるには、以下の条件を満たす必要があります。
- 業務外の傷病による療養であること
- 療養のために仕事に就けない状態であること
- 連続して3日間仕事を休んでいること（待期期間）
- 4日目以降も仕事に就けていないこと
支給額は標準報酬日額（健康保険の計算基礎となる給与水準）の3分の2です。支給期間は支給開始日から通算1年6か月が上限となります。2022年の健康保険法改正により、支給を受けた期間のみカウントされる「通算」方式に変更されているため、途中で就労できた期間はカウントに含まれません。
申請書類と会社の役割
傷病手当金の申請書は、以下の3つのパートで構成されています。
- 被保険者（本人）記入欄：申請者自身が記入
- 事業主記入欄：会社が休職期間・給与支払いの有無などを証明する
- 療養担当者（医師）記入欄：主治医が労務不能の期間・傷病名などを記入
会社の役割は事業主記入欄への記入と押印を速やかに行い、本人に渡すことです。この対応が遅れると、本人の申請が遅れ、支給開始も遅くなります。一般的には1か月ごとに申請しますが、まとめて申請することも可能です。
また、給与が一部でも支払われた月は傷病手当金の支給額が調整されます。具体的には、支払われた給与が傷病手当金の額を下回る場合に、その差額のみが支給されます。給与支払いの有無や金額を正確に証明することが、会社の重要な責務です。
なお、業務上の傷病や通勤途上の事故の場合は健康保険ではなく労災保険の対象となります。この区別を誤ると手続き全体がやり直しになるため、傷病の発生原因の確認は最初に行ってください。労災の場合、休業補償給付として給付基礎日額の60%と特別支給金20%が4日目以降から支給されます。
社会保険料と住民税の実務処理
社会保険料（健康保険・厚生年金）の処理
休職中であっても、従業員は健康保険・厚生年金の被保険者資格を継続します。そのため、給与の支払いがない月も社会保険料は発生し続け、会社は毎月納付する義務があります。
通常、社会保険料は労使折半（会社と従業員が半分ずつ負担）です。給与がある場合は従業員負担分を給与から控除できますが、無給の月はそれができないため、会社が一時的に従業員分も立替払いすることになります。
この立替分の回収方法として、一般的には以下のような対応が取られます。
- 毎月、本人に直接請求して振込んでもらう
- 休職期間中は会社が立て替え、復職後の給与から分割回収する
どちらの方法を選択するにしても、休職開始前に本人と書面で取り決めをしておくことが不可欠です。後から「聞いていなかった」という主張をされないよう、回収方法・金額・時期を明記した同意書を取得しておきましょう。
住民税の処理
住民税は通常、給与から天引きする「特別徴収」で処理されます。しかし給与が発生しない休職中は天引きができないため、普通徴収（本人が直接市区町村に納付する方式）への切り替えが必要です。
手続きとしては、「給与所得者異動届出書」を市区町村に提出します。休職が発生したら速やかに手続きを行い、本人にも直接納付が必要になる旨を伝えてください。住民税を滞納すると、後々の負担が大きくなるため、本人への丁寧な案内が重要です。
復職後は再度、特別徴収への切り替え手続きが必要になります。
復職・退職時の手続きと注意点
復職時の対応
復職を検討する段階では、主治医の診断書だけでなく、産業医の意見を踏まえた復職可否の判断を行うことが重要です。主治医は「治療」の観点から判断しますが、産業医は「職場復帰できる状態か」という就労適性の観点からアドバイスを行います。この二つの視点を組み合わせることで、早期再発や休職の繰り返しを防ぐことができます。
産業医との連携体制が整っていない場合は、産業医サービスの利用を検討してみてください。専門家のサポートにより、復職判断の精度が高まり、職場への定着率向上にもつながります。
また、復職後の社会保険料の特別徴収切り替えや、立替分の回収開始など、事務処理も忘れずに行いましょう。
休職期間満了による退職時の対応
休職期間が満了しても復職できない場合、就業規則の規定に基づき「自動退職」となるケースがほとんどです。この場合の離職票の記載に注意が必要です。「自己都合退職」と記載してしまうと、本人の雇用保険の受給に影響が出る可能性があります。「休職期間満了による退職」として正確に記載してください。
退職時には以下の手続きも必要です。
- 健康保険の任意継続制度の案内（退職後20日以内に申請が必要）
- 国民健康保険への切り替え案内
- 厚生年金から国民年金への切り替え（本人が市区町村窓口で手続き）
- 傷病手当金の支給が継続する場合、退職後の申請方法の案内
退職後も傷病手当金を継続受給できる場合がありますが、被保険者資格喪失後の継続給付には条件があります（資格喪失前に1年以上の被保険者期間があることなど）。本人が正しく手続きできるよう、情報提供を行いましょう。
実践ポイント：休職対応で失敗しないための管理体制
ここまで解説してきた内容を踏まえ、中小企業が実践すべき管理体制のポイントをまとめます。
- 休職対応チェックリストを作成する：休職開始時・月次処理・復職・退職の各フェーズで必要な手続きを一覧化しておくと、担当者が変わっても対応が属人化しません。
- 就業規則の休職規定を今すぐ確認・整備する：曖昧な規定のまま運用すると、後々のトラブルの原因になります。規定が不十分な場合は社会保険労務士に相談することをお勧めします。
- 保険料回収の同意書を必ず取得する：口頭の合意では後々のトラブルを防げません。書面による確認を徹底してください。
- 傷病手当金の申請に協力する姿勢を示す：「本人が全部やること」と放置せず、事業主証明欄の記入など会社側の義務を速やかに果たしましょう。
- メンタルヘルス不調の場合は専門家と連携する：特にうつ病や適応障害などのメンタルヘルス不調の場合、復職支援には専門的なサポートが有効です。メンタルカウンセリング（EAP）の導入を検討することで、従業員の早期回復と職場復帰をより効果的に支援できます。
- 私傷病と労災の区別を必ず確認する：休職の原因が業務に関連するものかどうかを最初に確認しないまま健康保険で対応してしまうと、後から手続きをやり直すことになります。
まとめ
休職が発生したときの給与・保険関連の手続きは、発生時期と対象制度が多岐にわたるため、初めて対応する担当者には複雑に感じられるかもしれません。しかし、正しい知識と事前の準備があれば、落ち着いて対応できます。
重要なポイントを改めて整理します。
- 休職制度は就業規則が根拠となるため、規定の整備が最優先
- 休職開始後は速やかに書面による通知と傷病手当金の案内を行う
- 無給の休職中も社会保険料は発生し続けるため、回収方法を書面で取り決める
- 傷病手当金の事業主証明は速やかに対応し、本人の申請をサポートする
- 住民税の普通徴収切り替えを市区町村に届け出る
- 復職・退職時にはそれぞれ必要な手続きが発生することを見越して準備する
従業員が安心して休養でき、スムーズに職場復帰できる環境を整えることは、会社としての信頼につながります。制度や手続きへの正しい理解を持ち、従業員に寄り添った対応を実践していきましょう。
よくある質問（FAQ）
休職中の従業員の社会保険料は会社が全額負担するのですか？
いいえ、休職中であっても社会保険料の負担割合は変わりません。健康保険・厚生年金ともに労使折半（会社と従業員が半分ずつ）が原則です。給与が発生しない場合、会社が一時的に従業員負担分も立て替えて納付し、後から本人に請求することが一般的です。回収方法は休職開始時に書面で取り決めておくことが重要です。
傷病手当金の申請は従業員本人が全て行うものですか？
申請書の多くの部分は本人が記入しますが、申請書には「事業主記入欄」があり、会社が欠勤期間や給与支払いの有無などを証明する必要があります。この欄の記入・押印は会社の義務であり、速やかに対応しなければ本人の支給開始が遅れる原因になります。主治医による療養担当者欄への記入も必要で、申請は3者が協力して行うものです。
休職期間満了で退職になる場合、離職票の退職理由はどう書けばよいですか？
「自己都合退職」ではなく、「休職期間満了による退職」として記載するのが適切です。誤って自己都合と記載すると、雇用保険の基本手当（失業給付）における給付制限期間の適用など、本人に不利益が生じる場合があります。離職票の記載理由は就業規則の規定内容や実態に基づいて正確に記入してください。不明な場合はハローワークや社会保険労務士に確認することをお勧めします。
