「うちの社員が長期で休職することになったけど、給与はどうすればいいんだろう？」——こうした疑問を抱えたまま、場当たり的な対応を続けている中小企業は少なくありません。大企業と違い、専任の労務担当者を置けない中小企業では、初めて長期休職者が出たとき、何から手をつければいいのかわからず、誤った対応で後々トラブルになるケースも見受けられます。
給与を払い続けるべきか、社会保険料はどう処理するか、傷病手当金との関係は——こうした疑問には、一つひとつ正確な知識と適切な就業規則の整備が必要です。本記事では、長期休職者に関する給与・福利厚生の扱いについて、法的根拠を踏まえながら実務的な視点でわかりやすく解説します。
休職中の給与支払いは法律上の義務ではない
まず多くの経営者が誤解しているのが、「休職中でも給与を払い続けなければならない」という思い込みです。しかし、これは法律上正確ではありません。
労働基準法や民法には、「ノーワーク・ノーペイの原則」という考え方があります。これは、労働者が労務を提供しない期間については、使用者（会社）に賃金を支払う義務は発生しない、という原則です。つまり、病気やケガで働けない私傷病（業務外の傷病）による休職期間中は、法律上は給与を支払わなくてもよいのが原則です。
ただし重要なのは、「就業規則や労働契約に別段の定めがある場合はその定めに従う」という点です。就業規則に「休職中は基本給の○割を支給する」と明記していれば、その規定が優先されます。逆に言えば、就業規則に休職中の給与に関する規定がない場合、会社と従業員の双方にとって不明確な状態が続くことになり、後々のトラブルの原因になりかねません。
中小企業においては、休職制度そのものが就業規則に整備されていないケースが多く見られます。長期休職者が発生する前に、休職の要件・期間・給与の有無・満了時の対応を規則として明確に定めておくことが、経営者・人事担当者にとって最優先の課題といえます。
傷病手当金と給与の関係——二重取りはできない仕組み
私傷病による長期休職の場合、従業員が健康保険から傷病手当金を受け取れる可能性があります。傷病手当金とは、業務外の病気やケガで連続して3日以上仕事を休んだ場合（この3日間を「待期期間」といいます）に、4日目以降から支給される給付金です（健康保険法第99条）。
支給額は標準報酬日額（直近12ヵ月の平均月収をもとに算出）の約3分の2で、最長1年6ヵ月間受け取ることができます。休職中の従業員の生活を一定程度守る制度として機能しています。
ここで経営者・人事担当者が必ず押さえておくべきポイントがあります。それは、会社が給与を支払うと、その金額に応じて傷病手当金が減額・不支給になるという調整の仕組みです。具体的には以下のとおりです。
- 会社が支払う給与が傷病手当金の支給額を上回る場合：傷病手当金は支給されない
- 会社が支払う給与が傷病手当金の支給額を下回る場合：差額分のみ傷病手当金が支給される
- 会社が給与を支払わない場合：傷病手当金が満額支給される
つまり、給与と傷病手当金の「二重取り」はできない仕組みになっています。会社が善意で給与の一部を支払い続けていると、従業員が受け取れる傷病手当金が減ってしまうという矛盾が生じることもあります。従業員の生活保護という観点からも、無給休職として傷病手当金を満額受給させる形が、実務上は合理的なケースが多いといえます。
なお、休職開始時に有給休暇を消化させる場合、有給消化期間中は給与が発生するため、傷病手当金の待期期間（3日間）の数え方に影響することがあります。傷病手当金の申請タイミングについては、従業員本人と会社の双方でしっかり確認しておくことが大切です。
休職中も発生し続ける社会保険料——負担と回収の実務
給与の支払いを止めた後も、経営者が頭を悩ませるのが社会保険料の問題です。健康保険・厚生年金については、休職中であっても従業員としての被保険者資格は継続します。そのため、給与がゼロになっても保険料の支払い義務はなくなりません。
保険料は「標準報酬月額」をもとに計算されます。標準報酬月額は4月から6月の給与をもとに毎年9月に改定されますが、休職直前の給与水準をもとに算定された保険料が、休職中も継続して発生し続けることになります。会社負担分・本人負担分ともに毎月発生するため、給与天引きができない状況では、本人負担分をどのように回収するかが実務上の大きな課題になります。
本人負担分の回収方法としては、主に以下の方法が取られます。
- 毎月請求書を送付して振込依頼する：最も一般的な方法。休職開始時に書面で合意しておく
- 会社が立て替え、退職時や復職時に一括精算する：本人の経済的負担を考慮した方法だが、回収できないリスクがある
- 分割払いで対応する：長期化した場合の実態に合わせた柔軟な対応
いずれの方法を取るにしても、必ず書面で合意を交わしておくことが不可欠です。口頭での取り決めだけでは、退職後に回収できなくなるリスクがあります。休職開始時に「社会保険料等の精算に関する合意書」などを作成しておく習慣をつけることをお勧めします。
また、住民税（市区町村民税・都道府県民税）についても注意が必要です。給与から天引きする「特別徴収」の方法を取っている場合、給与の支払いがなければ天引きができません。この場合の対応策は主に2つです。
- 本人に直接納付してもらう（普通徴収へ切り替え）
- 会社が立て替えて後日回収する（書面での合意が必要）
住民税の切り替え手続きは市区町村への届出が必要なため、休職開始時に速やかに対応するようにしましょう。
就業規則の整備が「すべての基本」になる
ここまで解説してきた内容からも明らかなように、長期休職者への対応において最も重要な基盤となるのが就業規則の整備です。「個別対応」で乗り切ろうとすることは、従業員間の不公平感を招いたり、後々の労使トラブルの火種になったりする危険性があります。
就業規則の休職規定には、少なくとも以下の項目を明確に盛り込んでおく必要があります。
- 休職の開始要件：どのような状態になったら休職命令を発令するか
- 休職期間：勤続年数に応じた期間の設定（例：勤続3年未満は3ヵ月、3年以上は6ヵ月など）
- 期間の延長可否：延長できる場合の条件と上限
- 給与の有無：無給とするか、一定割合を支給するかを明示
- 社会保険料等の精算方法：本人負担分の徴収方法を具体的に記載
- 休職満了時の取り扱い：「休職期間満了時に復職できない場合は自動的に退職とする」旨の規定（いわゆる自然退職条項）
- 復職の要件：主治医の診断書提出だけでなく、産業医の意見聴取なども含めた基準
特に「休職満了による自動退職」の規定は、経営者にとって重要です。私傷病による休職については、業務上の疾病・負傷と異なり（業務上の場合は労働基準法第19条により休業中および30日間の解雇が禁止されています）、法律上の解雇禁止規定はありません。しかし、休職満了後の扱いが不明確なまま放置すると、「解雇」か「退職」かが曖昧になり、労使トラブルに発展することがあります。就業規則に自然退職条項を明記しておくことで、双方の認識を一致させることができます。
なお、就業規則は常時10人以上の労働者を使用する事業場では労働基準監督署への届出が必要です（労働基準法第89条）。10人未満の事業場でも、作成・整備しておくことが望ましいといえます。
復職判断と産業医の役割——「主治医の診断書だけ」では不十分な理由
長期休職からの復職は、従業員本人にとっても会社にとっても大きな節目です。しかし、「主治医（かかりつけ医）が復職可能と言っているから、そのまま復職させた」という対応は、実務上リスクが伴うことがあります。
主治医は患者（従業員）の治療を主目的としており、職場環境や業務内容を十分に把握した上で復職の可否を判断しているとは限りません。一方、産業医は職場の環境や業務内容を踏まえた上で、「この従業員が今の職場で安全に働けるか」という観点から意見を述べることができます。
復職判断のプロセスとしては、以下のような流れを設けることが推奨されます。
- 従業員が主治医から「復職可能」の診断書を提出する
- 産業医が本人と面談し、就労可能性について意見を述べる
- 主治医の診断書と産業医の意見を総合して、会社が復職の可否・時期・条件を決定する
- 必要に応じて試し出勤（リハビリ出勤）制度を活用する
特にメンタルヘルス不調による長期休職の場合、再発リスクの評価が重要です。本人の希望や主治医の診断だけに頼らず、産業医を交えた多角的な判断を行うことで、復職後の再休職リスクを低減することができます。
産業医の選任義務は常時50人以上の労働者を使用する事業場に課されていますが（労働安全衛生法第13条）、50人未満の中小企業でも、産業医サービスを活用することで、適切な復職支援体制を整えることが可能です。長期休職が発生する前に、産業医との連携体制を構築しておくことをお勧めします。
また、復職後のフォローアップとして、メンタルヘルス不調を抱える従業員が気軽に相談できる窓口を設けることも有効です。メンタルカウンセリング（EAP）を導入することで、復職後の不安や職場への適応に関する悩みを専門家に相談できる環境が整い、再発・再休職の予防につながります。
休職開始時に必ず行う実践的チェックポイント
最後に、長期休職者が発生した際に、経営者・人事担当者が休職開始時に行うべき実務上の確認事項を整理します。後手に回らないよう、チェックリストとして活用してください。
- 就業規則の休職規定を確認する：無給か有給か、期間・満了時の扱いを確認し、本人に書面で通知する
- 傷病手当金の申請案内を行う：申請書の入手方法、会社証明欄の記載手続きを本人に説明する
- 社会保険料の本人負担分の支払い方法を書面で合意する：毎月振込か、退職時精算かなどを明記した合意書を作成する
- 住民税の対応方針を決定・通知する：普通徴収への切り替え手続きを速やかに行う
- 給与支払いの有無・条件を書面で明示する：口頭だけでなく、必ず書面で残す
- 復職基準・連絡方法のルールを確認する：休職中の定期連絡の頻度・方法を取り決めておく
- 有給休暇の残日数を確認する：傷病手当金の待期期間との関係を把握しておく
これらの対応を休職開始時にまとめて行っておくことで、長期化した場合でも落ち着いて対処できます。逆に最初に曖昧なまま放置すると、後から整理するのは非常に困難になります。
まとめ
長期休職者の給与・福利厚生の扱いは、「とりあえず給与を払い続ける」「個別に判断する」という場当たり的な対応では、会社・従業員の双方にとってリスクが生じます。
重要なポイントを振り返ると、
- 休職中の給与支払いは法律上の義務ではなく、就業規則の定めによる
- 傷病手当金と給与の二重取りはできず、給与を支払えば傷病手当金が減額される
- 社会保険料は休職中も発生し続け、本人負担分の回収方法を事前に書面で取り決める必要がある
- 住民税の天引きができなくなる場合は早期に切り替え手続きを行う
- 復職判断は主治医の診断書だけでなく、産業医の意見も踏まえた多角的な判断が望ましい
- すべての対応の基盤は、就業規則の休職規定の整備にある
長期休職への対応は、経営者・人事担当者にとって難しい判断の連続です。しかし、正しい知識と整備された制度があれば、従業員を守りながら会社の運営も守ることができます。まだ休職制度が整っていない場合は、この機会に就業規則の見直しを検討することをお勧めします。
よくある質問（FAQ）
休職中に給与を一切支払わなくてもよいのでしょうか？
就業規則に「休職期間中は無給とする」旨の規定があれば、法律上は給与を支払わなくても問題ありません。ノーワーク・ノーペイの原則（民法・労働基準法）により、労務の提供がない期間については賃金支払い義務は発生しないためです。ただし、就業規則に有給支給の定めがある場合はそれに従う必要があります。まずは自社の就業規則を確認してください。
傷病手当金はどれくらいもらえるのですか？
傷病手当金の支給額は、標準報酬日額（直近12ヵ月の平均月収をもとに算出）の約3分の2です。最長1年6ヵ月間受け取ることができます（健康保険法第99条）。ただし、会社から給与が支払われている場合は、その金額に応じて減額・不支給となります。会社が無給とすることで、従業員が傷病手当金を満額受給しやすくなります。
休職中の社会保険料を従業員が払えない場合はどうすればよいですか？
会社が一時的に立て替えて、復職時または退職時に本人から回収する方法が取られることがあります。その際は、必ず書面（合意書）を作成し、立替金の金額・返済方法・時期を明記しておくことが重要です。書面がない場合、退職後に回収できなくなるリスクがあります。長期化が見込まれる場合は分割払いの取り決めも検討してください。
何年も復職できない従業員を退職させることはできますか？
就業規則に「休職期間満了時に復職できない場合は自然退職とする」旨の規定（自然退職条項）があれば、その規定に基づいて退職扱いとすることが可能です。ただし、業務上の疾病・負傷による休業の場合は、休業期間中およびその後30日間の解雇が労働基準法第19条で禁止されています。私傷病の場合にも、規定の整備なく一方的に解雇することはトラブルの原因になりますので、必ず就業規則を整備した上で対応してください。
