「裁量労働制は危険？中小企業が知っておくべき法的リスクと導入前に必ず確認すべき対策」

「残業代を抑えたい」「優秀な専門職に裁量を持って働いてもらいたい」――そうした経営課題の解決策として裁量労働制に注目する中小企業は少なくありません。しかし、制度の仕組みを正しく理解しないまま導入を進めた結果、労働基準監督署（以下、労基署）の調査で是正勧告を受けたり、未払い賃金の請求トラブルに発展したりするケースが後を絶ちません。

本記事では、裁量労働制のリスクと対策を中心に、制度の基本から2024年の法改正のポイント、導入・運用上の注意点まで体系的に解説します。これから導入を検討している経営者・人事担当者はもちろん、すでに導入しているが運用の実態に不安を感じている方にも参考にしていただける内容です。

裁量労働制とは何か――2種類の制度の基本を押さえる

裁量労働制とは、実際に働いた時間にかかわらず、労使があらかじめ取り決めた「みなし労働時間」を働いたものとして賃金計算を行う制度です。業務の性質上、仕事の進め方や時間の使い方を労働者本人の裁量に委ねる必要がある場合に限って認められており、根拠は労働基準法第38条の3（専門業務型）および同第38条の4（企画業務型）に置かれています。

専門業務型裁量労働制

省令で定められた19の業務に携わる労働者が対象で、研究開発、情報処理システムの設計・開発、取材・編集、デザイン、弁護士・公認会計士などの士業、コピーライター、証券アナリストといった業務が含まれます。導入には労使協定の締結と労基署への届出が必要です。協定には対象業務・みなし労働時間・健康確保措置・苦情処理措置などを記載しなければなりません。

企画業務型裁量労働制

事業の運営に関する企画・立案・調査・分析業務が対象で、本社・本部の中枢部門など、いわゆる経営に近い業務を担う人材に適用されることを想定した制度です。手続きは専門業務型より厳格で、労使委員会（労使同数で構成される委員会）を設置し、委員の5分の4以上の多数決による決議を経たうえで、労基署へ届け出る必要があります。さらに6か月以内ごとに1回、定期的な報告義務も課されています。

どちらの制度にも共通するのは、「使用者が業務の進め方や時間配分について具体的な指示をしない」業務であることが大前提という点です。この条件を満たさない業務に制度を適用しようとすること自体が、最初のリスクになります。

見落としがちな3つの法的リスク

裁量労働制のリスクを理解するうえで、特に中小企業が見落としやすいポイントを3つ取り上げます。

リスク①　深夜・休日労働の割増賃金は免除されない

裁量労働制の最大の誤解は、「導入すれば残業代がゼロになる」という思い込みです。みなし労働時間制はあくまで「1日の所定内労働時間」の扱いを変えるものであり、深夜労働（午後10時〜午前5時）と休日労働については、別途割増賃金の支払いが義務付けられています。

また、みなし労働時間が法定労働時間である1日8時間を超える場合は、36協定（時間外・休日労働に関する労使協定）の締結と届出も別途必要です。「裁量労働制にさえすれば労務管理が楽になる」という発想で導入すると、かえって法令違反のリスクを抱え込む結果になりかねません。

リスク②　業務の「実態」が適用要件を満たしていない

専門業務型の対象業務に名前が挙がっている職種であっても、業務の実態が要件を満たしていなければ適用は認められません。たとえば「システムエンジニア」という職種名であっても、上司から細かい作業指示を受けながら決まった手順で業務をこなしているだけであれば、「業務遂行の手段・時間配分を自ら決定できる」とはいえず、制度の適用対象にはなりません。また、客先に常駐して作業時間を先方に管理されている場合も同様です。

労基署の調査では、職種名や協定の書面だけでなく、実際の業務実態が確認されます。書面上は整っていても運用実態が伴っていなければ是正勧告の対象になります。

リスク③　2024年改正による「本人同意」の法的義務化

2024年（令和6年）の法改正により、企画業務型裁量労働制については労働者本人の同意取得が法律上の要件として明文化されました。改正前も実務上は同意を得ることが推奨されていましたが、改正後は同意なしの適用が明確に違法となります。さらに、同意しなかった場合の不利益取扱いの禁止も明記されており、「同意しないと評価が下がる」といった扱いは法令違反です。

同制度を既に運用している企業も、改正内容に沿った同意書の取り直しや規程の見直しが必要になる場合があります。現在の運用が改正後の要件を満たしているか、改めて確認することを強くお勧めします。

労基署の調査で指摘されやすいポイント

裁量労働制を導入している企業への労基署の臨検（労働基準監督官による立入調査）では、主に以下の点が確認されます。事前にチェックリストとして活用してください。

• 労使協定・労使委員会決議の有効期間が切れていないか：更新手続きを失念したまま制度を継続していると、その期間の労働はすべて通常の時間外労働として扱われ、割増賃金の未払いが発生します。
• 届出書類の記載事項に不備がないか：必要な記載項目が欠けていたり、添付書類が不足していたりすると届出が無効とみなされる場合があります。
• 健康確保措置が実際に機能しているか：措置の内容を協定に記載するだけでなく、実際に実施し、記録を保管していることが求められます。
• 深夜・休日労働の割増賃金が正しく支払われているか：在社時間の記録から深夜・休日労働の実態が確認され、支払いが不足していれば是正対象になります。
• 企画業務型の場合、議事録が5年間保存されているか：労使委員会の議事録は5年間の保存義務があります。
• 定期報告（企画業務型）が期限内に提出されているか：6か月以内ごとに1回の報告を怠ると法令違反になります。

これらの指摘は「重大な問題が発覚した企業」だけでなく、手続きの形式的な不備がある企業にも共通して見られます。制度の趣旨を理解したうえで、書類管理・運用記録の整備を徹底することが重要です。

健康管理義務を軽視すると重大リスクにつながる

裁量労働制のもとでは、みなし時間制を採用しているため「実際の労働時間は関係ない」と誤解する経営者・人事担当者が見受けられます。しかし、これは大きな誤りです。みなし労働時間制のもとでも、健康管理を目的とした在社時間等の把握義務は廃止されていません。2024年改正ではこの点がさらに明確化されています。

法令上求められる主な健康確保措置には以下のものがあります。

• 在社時間・労働時間の把握：客観的な方法（PCのログ、入退館記録など）で実態を継続的に記録する。月の在社時間が目安として80時間を超えた場合は、面接指導等の対応が求められます。
• 医師による面接指導：長時間在社が認められた対象者に対し、産業医または会社が指定する医師との面接を実施する。
• 勤務間インターバルの確保：終業から翌日の始業まで一定時間（11時間以上が推奨されています）を空けることで、十分な休息を確保する。
• 健康診断の実施：年1回以上の定期健康診断は全労働者に義務付けられていますが、長時間労働が懸念される対象者には年2回の実施が推奨されます。
• ストレスチェックの実施とフォロー：50人未満の事業場は現在努力義務ですが、高ストレス者に対する面接指導の機会提供は、裁量労働制対象者の健康管理として積極的に取り組む必要があります。

健康管理義務を怠った結果、対象者が過労により健康障害を発症した場合、使用者責任を問われるリスクがあります。制度の適法性を保つためだけでなく、労働者の安全配慮義務の観点からも、健康管理体制の整備は欠かせません。

導入・運用を適正に保つための実践ポイント

裁量労働制を適正に導入・運用するために、経営者・人事担当者が実践すべきポイントを整理します。

導入前に業務実態を丁寧に検証する

まず、制度の適用を検討している業務が「労働者が自ら業務遂行の手段・時間配分を決定できる性質のものか」を客観的に検証してください。日々の業務フローや上司との指示命令関係を書き出し、「実態として裁量があるか」を確認することが出発点です。名目上の職種名や部署名ではなく、業務の実態で判断するという視点が重要です。

手続きの期限管理を仕組み化する

労使協定・労使委員会決議には有効期間があります。更新手続きの失念は即座に法的リスクに直結するため、社内の労務管理カレンダーに更新期限を登録し、担当者が変わっても対応が漏れないよう仕組み化することを推奨します。企画業務型の場合は、6か月ごとの定期報告期限も同様に管理してください。

在社時間の記録と健康管理の実施記録を残す

在社時間の記録は、PCログや入退館システム等の客観的な手段で取得し、定期的に人事担当者がチェックできる体制を整えてください。面接指導や健康相談を実施した際は、日時・内容・対応結果を記録し、一定期間保管しておくことが、労基署の調査への備えにもなります。

苦情処理窓口を実質的に機能させる

労使協定には苦情処理措置の記載が必要ですが、窓口を設けるだけで実態が伴っていないケースが多く見られます。対象者が制度の疑問点や不満を相談できる窓口を明示し、相談があった場合の対応手順と記録方法を整備してください。社員の信頼を得ることは、制度の適正運用と離職防止の両面で重要です。

半年〜1年ごとに制度の見直しを実施する

業務内容や組織体制は時間とともに変化します。導入時に要件を満たしていた業務・人員が、時間の経過とともに実態が変わっているケースも少なくありません。定期的に対象者の業務実態を確認し、要件を満たさなくなった場合は速やかに制度適用を見直す運用サイクルを設けることが、継続的なリスク管理につながります。

まとめ

裁量労働制は、業務の性質上・職種上の要件を満たす労働者に対して適切に運用されれば、働き方の自律性を高め、生産性向上にも寄与しうる制度です。しかし、「残業代を削減するための手段」として利用しようとすると、深夜・休日割増賃金の未払い、業務実態との乖離による制度の無効、健康管理義務違反など、多くの法的リスクを抱えることになります。

特に2024年の法改正により、企画業務型における本人同意の法的義務化や健康・福祉確保措置の要件が強化されています。既に制度を導入している企業においても、現在の運用が改正後の要件を満たしているか、改めて点検することが急務です。

制度の仕組みを正しく理解し、手続き・運用・健康管理の各側面で適正な体制を整えることが、裁量労働制のリスクを回避し、制度本来のメリットを引き出す唯一の道です。不明点がある場合は、社会保険労務士や弁護士といった専門家に相談しながら、慎重かつ着実に対応を進めることをお勧めします。

労働法改正への対応や安全衛生管理体制の整備には、INTERMINDの産業医サービスが力になります。専門家による継続的なサポートで法令対応を進められます。