社員が体調を崩して長期休職に入るとき、経営者・人事担当者の頭を悩ませるのが「給与はどうするのか」「社会保険料はどう扱うのか」「傷病手当金の申請に会社はどこまで関わるのか」という実務上の疑問です。特に専任の人事担当者を置けない中小企業では、こうした手続きが属人化しやすく、対応を誤ると後々のトラブルに発展することもあります。
本記事では、休職期間中の給与・社会保険・傷病手当金・住民税にかかわる手続きを、法律の根拠とあわせて体系的に解説します。「なんとなくやっていた」を「根拠を持って対応できる」状態に変える一助になれば幸いです。
休職中の給与：「払わなければならない」は誤解です
まず最初に押さえておきたいのが、給与の支払い義務についてです。労働基準法には「ノーワーク・ノーペイの原則」という考え方があり、労働の提供がない場合には賃金を支払う義務は原則として発生しません。つまり、私傷病（業務外の病気やケガ）による休職の場合、会社が給与を支払わなくても法律上は問題ありません。
ただし、例外があります。自社の就業規則に「休職中も基本給の○％を支給する」など有給の休職規定が設けられている場合は、その定めに従う義務が生じます。過去の経緯から慣行的に一部支給してきた場合も、労働慣行として認められるケースがあるため注意が必要です。
なお、育児休業や介護休業は別の法律（育児・介護休業法）に基づく制度であり、それぞれ育児休業給付金・介護休業給付金という別の給付制度が用意されています。私傷病休職とは切り離して考えてください。
実務上のポイントとして、休職に入る前に就業規則の内容を本人に丁寧に説明し、書面で休職承認通知書を交付することが重要です。口頭だけの説明は後日の「言った・言わない」トラブルを招く原因になります。
傷病手当金：会社の役割は「証明」であって「申請」ではない
給与が支払われない休職中の社員にとって大きな支えになるのが、健康保険の「傷病手当金」です。しかし、この制度をめぐって多くの会社が誤解しています。最も多いのが「傷病手当金は会社が申請するもの」という思い込みです。
傷病手当金の申請主体は被保険者本人（＝社員）です。会社は申請書の「事業主証明欄」に労務不能であった期間や賃金支払い状況を記入・証明する役割を担います。
制度の主な要件は以下の通りです。
- 業務外の傷病であること（業務上の場合は労災保険が優先）
- 療養のために仕事に就けない状態（労務不能）であること
- 連続して3日間の待期期間を満たしていること（この3日間は有給・無給を問わない）
- 待期期間完成後の4日目から支給対象となること
支給額は標準報酬日額（※）の3分の2相当です。2022年1月の法改正により、支給期間は「支給開始日から通算して最長1年6ヶ月」に変更されました（改正前は暦日計算）。これにより、途中で職場復帰して再び休職した場合でも、復帰中の期間は通算期間に含まれなくなりました。
（※）標準報酬日額とは、健康保険に加入している際の標準報酬月額を30で割った金額のことです。
会社が給与の一部を支払っている場合は、傷病手当金との調整が入ります。その期間について支給される傷病手当金の額が、支払われている給与の額を上回る場合に、その差額のみが支給される仕組みです。給与の額が傷病手当金の額以上である場合は、傷病手当金は支給されません。
申請は通常1〜3ヶ月ごとにまとめて行います。そのつど事業主証明が必要になるため、申請書の提出スケジュールをあらかじめ本人と取り決めておくと、双方の手間を減らすことができます。また、申請書の入手方法（健康保険組合または全国健康保険協会の窓口・ウェブサイト）や証明の流れを休職開始時に案内しておくことで、本人が手続きに迷うことを防げます。
社会保険料：休職中も発生する「見落とされがちなコスト」
多くの担当者が戸惑うのが、給与がゼロになった月の社会保険料（健康保険・厚生年金）の扱いです。ここで重要な原則が2つあります。
①休職中も雇用関係が継続している限り、被保険者資格は継続します。休職を理由に社員を健康保険から脱退させてはいけません。もし誤って脱退手続きをとってしまうと、傷病手当金の受給資格が失われる可能性があり、社員に重大な不利益を与えることになります。
②傷病手当金を受給していても、社会保険料は免除されません。育児休業・産前産後休業中の社会保険料免除（申請により事業主・本人ともに免除）とは制度が異なります。私傷病休職中は会社負担分・本人負担分ともに通常通り発生し続けます。
問題になるのは「給与がゼロなのに本人負担分をどうやって徴収するか」という点です。主な方法は以下の2つです。
- 毎月振込で徴収する：本人に毎月一定の日までに指定口座へ振り込んでもらう方法。確実だが、本人にとって負担になることも。
- 復職後に一括控除する：休職中の本人負担分を会社がいったん立替え、復職後の給与から分割または一括で控除する方法。ただし、この方法をとる場合は必ず本人の書面による同意を得ることが必要です（労働基準法第24条の賃金全額払いの原則との関係から）。
どちらの方法を選ぶにせよ、休職開始時に方法を明確に取り決め、書面で合意しておくことが不可欠です。この取り決めを怠ると、退職時に本人負担分の社会保険料が多額の未収となるケースがあります。
なお、雇用保険についても休職中は被保険者資格が継続します。喪失手続きは不要です。
住民税の扱い：「特別徴収」から切り替えが必要になる場合も
見落とされやすいのが住民税の手続きです。通常、会社員の住民税は給与から天引きする「特別徴収」で納付されますが、給与の支払いがない月は天引きができなくなります。
この場合、対応方法は大きく2つです。
- 普通徴収への切り替え：市区町村に「給与支払報告・特別徴収に係る給与所得者異動届出書」を提出し、本人が直接市区町村に納付する方法に切り替えます。手続きの期限や書式は自治体によって異なるため、早めに確認することを推奨します。
- 会社が立替えて後から回収する：会社がいったん納付し、本人から後日回収する方法。社会保険料と同様、書面での合意と管理が求められます。
休職が長期化するほど未収リスクが高まるため、住民税の扱いも休職開始時に本人と明確に取り決めておくことが重要です。
就業規則の整備：休職制度は「作っておく」ものです
休職にかかわるトラブルの多くは、就業規則に休職制度が明記されていないことに起因しています。労働基準法上、常時10人以上の労働者を使用する事業場では就業規則の作成・届出が義務付けられており、休職に関する事項は就業規則の相対的必要記載事項として、制度を設ける場合には必ず記載しなければなりません。
就業規則の休職規定に盛り込むべき主な事項は以下の通りです。
- 休職の事由（私傷病・精神疾患・育児・介護など）
- 休職期間の上限（勤続年数に応じて設定するケースが多い）
- 休職中の賃金の有無・水準
- 復職手続きの方法（診断書の提出、産業医面談の実施など）
- 休職期間満了時の取り扱い（自然退職とするか否か）
- 休職を繰り返す場合の期間通算ルール
特に「休職期間満了時の自然退職（自動退職）」の規定は、会社側にとって重要な条項です。この規定がないまま期間満了を迎えると、復職・退職どちらにするかの判断が非常に難しくなります。ただし、自然退職規定を設ける場合も、期間満了前に本人への十分な通知を行うことが法的なトラブル回避の観点から重要です。
復職の判断については、主治医の診断書だけでなく、産業医サービスを活用した産業医面談の意見を組み合わせることが推奨されます。主治医は治療の視点から「復職可能」と判断する場合でも、職場環境や業務内容に照らして産業医が別の意見を示すこともあります。最終的な復職可否の判断は会社側が行うものであり、医師の判断に全面的に委ねるものではありません。
実践ポイント：休職発生時のチェックリスト
以上の内容を踏まえ、休職発生時に対応すべき実務項目を整理します。中小企業では担当者一人で対応することも多いため、チェックリストとして活用してください。
休職開始時
- 休職辞令または休職承認通知書を書面で交付する
- 就業規則の休職規定を本人に説明する
- 傷病手当金の申請方法・スケジュール・事業主証明の流れを案内する
- 社会保険料（健康保険・厚生年金）の本人負担分の徴収方法を書面で合意する
- 住民税の取り扱い（特別徴収の切り替えまたは立替徴収）を決定し手続きする
- 定期報告のルール（月1回程度の状況確認など）を取り決める
休職中
- 傷病手当金の事業主証明を都度速やかに対応する
- 社会保険料・住民税の未収が発生していないか月次で確認する
- 休職期間満了の2〜3ヶ月前から復職可否の確認を計画的に開始する
- 産業医面談の実施スケジュールを調整する
復職・退職時
- 主治医の診断書と産業医意見書をもとに会社が復職可否を最終判断する
- 退職となる場合、傷病手当金の継続受給要件（健康保険の被保険者期間が継続して1年以上あることなど）を確認し、本人に情報提供する
- 社会保険料・住民税の未収分を退職手続きと合わせて精算する
メンタルヘルス不調による休職が増えている現在、相談窓口の整備も有効な対策のひとつです。メンタルカウンセリング（EAP）を導入することで、休職に至る前の早期発見・早期対応が可能になるケースもあります。休職発生後の対応だけでなく、予防的な取り組みも検討してみてください。
まとめ
休職期間中の給与・保険手続きについて、各制度の基本と実務対応のポイントを解説してきました。重要な点を改めて整理します。
- 私傷病休職中の給与支払い義務は法律上なし。ただし就業規則の規定に従う
- 傷病手当金の申請主体は本人。会社は事業主証明欄の記入で対応する
- 休職中も社会保険被保険者資格は継続。保険料は免除されない
- 本人負担分の社会保険料・住民税の徴収方法は休職開始時に書面で合意する
- 就業規則に休職期間の上限・満了時の取り扱い・復職手続きを明記しておく
これらの対応は、社員が安心して療養に専念できる環境を整えるためにも、会社が将来のトラブルを防ぐためにも欠かせません。制度は複雑に見えますが、ひとつひとつ手順を確認しながら対応することで、確実に乗り越えられます。判断に迷う場面では、社会保険労務士や産業医などの専門家に相談することも積極的に検討してください。
休職中に社員を健康保険から脱退させてしまいました。取り消しできますか？
雇用関係が継続している限り、社会保険の被保険者資格は本来継続するため、誤って脱退手続きを行った場合は速やかに年金事務所または健康保険組合に相談してください。遡及して資格を回復できる場合がありますが、その間に傷病手当金の受給に支障が生じている可能性もあるため、早急な対応が必要です。手続きが遅れるほど修正が困難になるため、気づいた時点ですぐに専門家や担当窓口に確認することをお勧めします。
傷病手当金を受給中の社員が退職した場合、手当は続きますか？
一定の要件を満たす場合、退職後も傷病手当金を継続して受給できます。主な要件は、①退職日までに健康保険の被保険者期間が継続して1年以上あること、②退職日に労務不能の状態であること（退職日に出勤している場合は継続給付の対象外）です。退職後の受給にあたって任意継続被保険者になる必要はなく、退職前に加入していた健康保険から引き続き給付を受ける形になります。ただし要件の判断は個々の状況によって異なるため、退職前に社会保険労務士や健康保険組合に確認することを推奨します。
就業規則に休職の規定がない場合、どうすればよいですか？
休職制度自体は法律で義務付けられたものではありませんが、常時10人以上の労働者を使用する事業場では就業規則の作成が義務となっており、休職制度を設ける場合にはその内容を就業規則に記載しなければなりません（相対的必要記載事項）。規定がない場合、休職期間の上限や満了時の扱いが曖昧になり、トラブルの原因になります。現在規定がない場合は、できるだけ早く整備することを強くお勧めします。社会保険労務士に依頼して自社の状況に合った内容で作成するのが確実です。
