「管理職に残業代は払わなくていい」は大間違い！中小企業が今すぐ見直すべき労働時間管理の落とし穴

「残業を減らせと言われても、仕事の量は変わらない」「36協定を締結しているが、内容を正確に把握できていない」「管理職には残業代を払わなくていいと思っていた」——中小企業の経営者・人事担当者からこうした声をよく耳にします。

働き方改革関連法が段階的に施行され、中小企業においても時間外労働の上限規制や割増賃金率の引き上げが適用されるようになりました。しかし、専任の労務担当者を置く余裕がない中小企業では、法令の変更を追いかけるだけで精一杯という現実もあります。

本記事では、中小企業が今すぐ確認すべき労働時間管理の法的ルールと、人手不足の中でも実践できる業務改善の具体策を、順を追って解説します。コンプライアンス上のリスクを把握しながら、現場で使える対応策を一緒に整理していきましょう。

中小企業が直面する「働き方改革」の現実的な壁

大企業と異なり、中小企業では「残業削減」と「業務遂行」がしばしばトレードオフの関係に見えてしまいます。人員が限られている中で業務量は変わらず、「時間を削れ」という指示だけが現場に降りてくる状況では、社員の疲弊や不満が募るばかりです。

さらに、社内に意識のズレが生じやすいという問題もあります。「残業してこそ仕事熱心だ」という価値観を持つベテラン層と、プライベートとの両立を重視する若手層とでは、働き方への考え方が根本から異なります。この意識格差を放置すると、職場内の摩擦が生じるだけでなく、若手の離職につながるリスクもあります。

こうした課題を乗り越えるためには、まず「何が法律上義務であるか」を正確に把握することが出発点です。正確な理解なしには、どんな対策も場当たり的になってしまいます。

必ず押さえておくべき労働時間規制の基本ルール

法定労働時間と時間外労働の上限

労働基準法が定める法定労働時間は、1日8時間・週40時間が原則です。この時間を超えて働かせるためには、労使間で「36協定（さぶろくきょうてい）」と呼ばれる協定を締結し、労働基準監督署に届け出ることが必要です。

2019年4月（中小企業は2020年4月）から施行された時間外労働の上限規制により、以下の基準を超えることは法律上認められません。

• 原則：月45時間・年360時間以内
• 特別条項を設けた場合でも：年720時間以内
• 複数月の平均：80時間以内（休日労働を含む）
• 単月：100時間未満（休日労働を含む）
• 月45時間を超えられるのは年6か月まで

これらの上限はいずれも「絶対的な上限」であり、特別条項付きの36協定を締結していても超えることはできません。違反した場合は、6か月以下の懲役または30万円以下の罰金が科される可能性があります。

2023年4月から中小企業にも適用された月60時間超の割増賃金率

2023年4月以降、中小企業にも適用が拡大された重要な改正があります。1か月に60時間を超える時間外労働については、割増賃金率が50%以上に引き上げられました。それまで中小企業は25%でよかったため、実務上の影響は小さくありません。

その他の割増率も整理しておきましょう。深夜（22時〜翌5時）は25%以上、法定休日は35%以上です。これらが重なる場合は合算されます。たとえば法定休日の深夜労働であれば60%以上となります。給与計算の誤りは未払い賃金の問題に直結しますので、自社の給与システムが最新の割増率に対応しているか、今一度確認してください。

有給休暇の年5日取得義務

年次有給休暇が年10日以上付与される労働者に対して、使用者は年5日の有給休暇を取得させる義務があります。労働者が自分で申請して取得していない場合、会社側が時季を指定して取得させなければなりません。違反した場合は、対象となる労働者1名ごとに30万円以下の罰金が科されます。複数名が未取得であれば、その人数分だけ罰金額が積み重なる点に注意が必要です。

「管理職だから残業代不要」は誤解——よくある法的リスク

中小企業で特に多い誤解が、「管理職には残業代を支払わなくてよい」というものです。これは、労働基準法第41条が定める「管理監督者」についての誤った解釈から生じています。

管理監督者として労働時間規制の適用を除外されるためには、単に「課長」「部長」といった役職名があるだけでは不十分です。以下のような実態が求められます。

• 経営方針の決定や労務管理に関与していること
• 出退勤の時間について自由裁量があること
• その地位にふさわしい待遇（賃金等）が与えられていること

これらの要件を実質的に満たさない「名ばかり管理職」は、法律上は一般の労働者と同様に扱われます。未払い残業代の請求を受けた場合、過去にさかのぼって相当額を支払うことになりかねません。

また、仮に管理監督者であったとしても、深夜割増賃金と年次有給休暇は適用されます。これも見落としがちなポイントです。

加えて、2023年4月からは、管理監督者や裁量労働制（みなし労働時間制）が適用されている労働者についても、使用者による労働時間の把握義務が課されるようになりました。裁量労働制は「何時間働いてもよい」制度ではなく、健康管理の義務は引き続き会社が負います。

36協定の適正運用と勤怠記録の整備

36協定の形骸化を防ぐ

36協定は締結・届出さえすれば終わりではありません。有効期間（通常1年）が過ぎれば自動的に失効するため、毎年更新と届出が必要です。また、協定で定めた上限時間を実態と大きくかけ離れた低い数字にしていると、実際の労働時間がすぐに上限を超えてしまい法令違反となります。一方、上限を高く設定しすぎると、長時間労働が常態化するリスクが生じます。実態に即した数字を設定することが大切です。

もう一点確認が必要なのが、労働者代表の選出方法です。労働者代表は、挙手や投票などの民主的な方法で選ばれる必要があります。使用者が一方的に指名した場合、その36協定は無効となる可能性があります。

客観的な勤怠記録の保存が義務

労働時間の把握は、タイムカード・ICカード・パソコンのログ記録など、客観的な方法によることが原則です。自己申告制を採用する場合でも、申告内容と実態が乖離していないかを定期的に確認する仕組みが求められます。

勤怠記録の保存期間は原則5年間（当面は経過措置として3年間）です。記録が不十分だと、労働者から未払い残業代を請求された際に会社側が正確な反証をできなくなるリスクがあります。テレワーク中の労働者についても、PCのログイン・ログオフ時間やオンライン状況などを活用して把握努力が求められます。

人手不足でも実践できる残業削減・生産性向上の具体策

「人が足りないのに残業を減らせというのは無理だ」という声はよく理解できます。しかし、業務の中身を見直さずに時間だけを削ろうとすれば、当然限界があります。残業削減と生産性向上はセットで取り組む必要があります。

業務の「見える化」から始める

まず取り組むべきは、誰が・何に・どのくらいの時間を使っているかを把握することです。意外に多いのが、長年の慣習で続けられている不要な報告書や会議です。「この会議は本当に必要か」「この承認フローは簡略化できないか」という問いを立てることで、削減できる工数が見えてきます。

残業申請制の導入

残業を事前申請制にし、上長が承認するプロセスを設けることで、漫然とした残業を抑制できます。申請のない残業は認めない、というルールを明確にすることで、「なんとなく会社に残る」という文化を変えるきっかけにもなります。

ITツールの活用

クラウド型の勤怠管理システムは、月額数百円〜数千円程度から導入できるものも多く、中小企業でも現実的なコストで運用可能です。給与計算ソフトとの連携により、集計ミスや計算の手間も大幅に削減できます。RPA（ロボティック・プロセス・オートメーション）と呼ばれる業務自動化ツールも、定型的なデータ入力や集計業務の効率化に活用できます。

長時間労働者への産業医面接指導

残業削減の取り組みと並行して、すでに長時間労働が生じている従業員の健康管理も欠かせません。月80時間を超える時間外労働をした従業員に対しては、産業医への面接指導申出を勧奨する義務があります。月100時間超または2〜6か月の平均が80時間超の場合は、面接指導の実施が義務となります（常時50人未満の事業場も対象です）。

過重労働が続く中で健康被害や労災が発生した場合、会社は「安全配慮義務違反」として損害賠償を請求されるリスクを負います。産業医との連携体制を整えることは、法的リスクの観点からも重要です。産業医サービスを活用することで、面接指導の実施体制を効率的に整備することができます。

また、長時間労働が続く職場環境では、メンタルヘルスの問題も起こりやすくなります。従業員が気軽に相談できる窓口として、メンタルカウンセリング（EAP）の導入も検討する価値があります。問題が深刻化する前に早期対応できる環境を整えることが、職場全体の生産性維持にもつながります。

今日から始める実践ポイント

最後に、中小企業が優先的に取り組むべき実践ポイントを整理します。

• 36協定の有効期間と届出状況を確認する：毎年更新が必要です。有効期限が切れていないか、今すぐ確認してください。
• 勤怠記録の客観性を確保する：自己申告だけに頼らず、タイムカードやシステムによる記録を整備し、5年間（経過措置として当面3年）保存します。
• 管理職の実態を確認する：役職名だけで管理監督者として扱っていないか、要件を満たしているか確認します。深夜割増と有給休暇は管理監督者にも適用される点を忘れずに。
• 有給休暇の取得状況を個人別に把握する：年5日未取得の従業員がいれば、時季を指定して取得させる手続きを速やかに進めます。
• 月60時間超の残業者の割増賃金率を見直す：2023年4月以降は50%以上が必要です。給与計算ルールの見直しを行います。
• 月80時間超の残業者に面接指導を勧奨する：産業医との連携体制を整え、過重労働者を早期に把握・対応する仕組みをつくります。

まとめ

働き方改革への対応は、一度に全てを整備しようとすると負担が大きく感じられます。しかし、法令違反によるペナルティや未払い残業代の請求、労災リスクのことを考えれば、対応を先送りにするコストはさらに大きいといえます。

まずは自社の現状を把握することから始めましょう。36協定の確認、勤怠記録の整備、管理職の実態確認——この三つを今月中に取り組むだけでも、リスクを大幅に減らすことができます。

労働時間管理の適正化は、従業員が安心して長く働ける環境をつくることでもあります。法令対応を起点に、生産性向上と職場環境の改善を同時に進めることが、中小企業が持続的に成長するための基盤となるでしょう。

労働法改正への対応や安全衛生管理体制の整備には、INTERMINDの産業医サービスが力になります。専門家による継続的なサポートで法令対応を進められます。