従業員のメンタルヘルス不調は、もはや大企業だけの問題ではありません。厚生労働省の調査によれば、仕事や職業生活に強い不安・悩み・ストレスを感じている労働者の割合は依然として高水準にあり、中小企業においても休職者の増加や離職率の上昇といった形で経営に影響を与えるケースが増えています。
こうした状況を受けて、「従業員がカウンセリングを受ける際の費用を会社として負担したい」と考える経営者・人事担当者が増えています。しかし実際には、「どこまで負担すべきか」「税務上の処理はどうなるのか」「プライバシーはどう守るのか」といった疑問が重なり、なかなか制度整備が進まないというケースが少なくありません。
本記事では、カウンセリング費用の会社負担について、法律・税務・制度設計・実務運用の各側面から、中小企業の経営者・人事担当者が知っておくべきポイントを整理してお伝えします。
会社がカウンセリング費用を負担すべき法的根拠とは
まず押さえておきたいのは、メンタルヘルス対策は「やってあげるもの」ではなく、法律上の義務に基づくものであるという点です。
労働契約法第5条：安全配慮義務
労働契約法第5条は、使用者（会社）が労働者の「生命、身体等の安全を確保しつつ労働することができるよう、必要な配慮をする義務」を負うと定めています。これを安全配慮義務と呼びます。この義務は身体的な安全にとどまらず、メンタルヘルスを含む心身の健康全般に及ぶと解釈されています。
安全配慮義務を怠った場合、従業員からの損害賠償請求に発展するリスクがあります。過去には、長時間労働やハラスメントが原因でうつ病を発症した従業員に対して、会社が多額の損害賠償を命じられた裁判例も複数存在します。メンタルヘルス対策への投資は、こうした法的リスクへの備えでもあります。
労働安全衛生法第66条の10：ストレスチェック制度
従業員数50人以上の事業場には、年1回のストレスチェック（職場のストレス要因を数値化する検査）の実施が義務付けられています。さらに、高ストレスと判定された従業員から申し出があった場合、医師による面接指導を実施することが事業者の義務であり、その費用は事業者が負担することが原則とされています。
一方、50人未満の事業場ではストレスチェックの実施は努力義務にとどまりますが、労働安全衛生法第69条では、事業者がすべての労働者の健康保持増進に努めることが求められています。つまり、規模の大小にかかわらず、メンタルヘルスケアへの取り組みは事業者の責任として位置づけられているのです。
カウンセリング費用を会社負担する際の税務上の取り扱い
「費用を出したいが、税務上どう処理すればよいかわからない」という声はよく聞かれます。ここは正確に理解しておきたいポイントです。
福利厚生費として処理できる条件
会社がカウンセリング費用を負担する場合、以下の条件を満たせば福利厚生費として損金算入（会社の経費として処理）できる可能性があります。
- 全従業員が利用可能な制度として設計されていること
- 支出金額が社会通念上妥当な範囲であること
- 制度の内容が就業規則や福利厚生規程に明記されていること
反対に、特定の従業員だけに費用を渡す場合は、給与として課税される可能性があります。給与扱いになると所得税・住民税の対象となり、社会保険料の計算にも影響するため、従業員にとっても会社にとっても余分な負担が生じることになります。
EAPサービスの契約料について
外部のEAP（Employee Assistance Program：従業員支援プログラム）業者と月額契約を結ぶ形態では、契約料は原則として福利厚生費として損金算入が可能とされています。ただし、実際の税務処理は事業の状況や契約内容によって異なる場合があるため、顧問税理士や所轄税務署への確認を必ず行うようにしてください。
なお、精神科や心療内科への受診には健康保険が適用されますが（自己負担3割）、公認心理師・臨床心理士によるカウンセリングは原則として保険適用外となり全額自費となります。この自費分を会社が補助する場合に、上記の税務上の整理が特に重要になります。
費用負担の形態と中小企業に適した選択肢
カウンセリング費用の会社負担には、いくつかの形態があります。自社の規模や予算感に合わせて選択することが重要です。
EAP（外部委託型）
外部の専門機関と契約し、従業員がそのサービスを自由に利用できる仕組みです。費用感としては月額数百円〜数千円／人程度が目安とされており、中小企業でも比較的導入しやすい形態です。従業員は会社を通さず直接カウンセラーと連絡を取れるため、プライバシーが確保しやすい点も大きなメリットです。
当社が提供するメンタルカウンセリング（EAP）のように、中小企業向けのプランを用意しているサービスも増えています。まずは自社の従業員数や課題感に合ったプランを比較検討してみることをお勧めします。
個別費用補助型
従業員が自分でカウンセリング機関を選んで受診し、領収書を提出することで一定額を補助する形態です。柔軟性が高い一方、「年間〇万円まで」「〇回まで」といった上限設定と明確なルール化が必須です。上限の設定がないと費用が膨らむリスクがあり、また特定の従業員だけへの給付にならないよう、全員に開放された制度として規程に定める必要があります。
産業医との連携強化
50人未満の事業場では産業医（職場の健康管理を担当する医師）の選任義務はありませんが、任意で選任することは可能です。顧問契約の費用は事業場の規模にもよりますが、月数万円程度から対応しているケースもあります。産業医に相談することで、個別のカウンセリング対応だけでなく、職場環境の改善提案なども受けられます。詳しくは産業医サービスをご参照ください。
低コストで始める方法：公的リソースの活用
予算が限られている場合でも、できることはあります。
- 各都道府県に設置されている産業保健総合支援センターでは、中小企業向けに無料で産業保健の相談対応を行っています
- 自治体や商工会議所が提供する無料相談窓口の情報を従業員に案内するだけでも一定の効果があります
- よりそいホットラインなどの公的相談窓口の連絡先を社内掲示板やイントラネットに掲載する
- 中小企業向けの共済・団体向けEAPプランを活用すると個別契約よりコストを抑えられる場合があります
「費用を出せないから何もできない」ではなく、公的リソースを積極的に活用することが、特に50人未満の中小企業には現実的な第一歩になります。
制度設計で必ず押さえておくべきポイント
費用負担の形態を決めたら、次は制度としてきちんと機能するように設計することが重要です。よくある失敗を防ぐための実務ポイントを整理します。
匿名性・プライバシーの確保
「カウンセリングを利用したことが上司や人事に知られてしまうのでは」という心理的障壁が、従業員の利用を妨げる最大の要因の一つです。制度設計の段階で、情報がどの範囲まで共有されるのかを明確にルール化し、従業員に丁寧に説明することが不可欠です。
原則として、カウンセリングの内容や利用の有無は本人の同意なく会社が把握してはならないと考えてください。本人の同意なしに情報を取得することは、プライバシーの侵害となり、制度への信頼を根底から損ないます。
就業規則・福利厚生規程への明記
前述の税務上の理由からも、また従業員への公平な情報提供という観点からも、カウンセリング費用補助の制度は就業規則または福利厚生規程に明文化することが必要です。「全従業員が利用できる」という事実を書面で示しておくことが、福利厚生費としての税務処理の根拠にもなります。
制度の周知と心理的スティグマ（偏見）の解消
制度を作っても、誰も使わないという失敗例は少なくありません。「メンタル不調と思われたくない」「弱い人間だと見られるのでは」という偏見（スティグマ）が利用の妨げになっています。管理職研修や全体ミーティングなどを通じて「メンタルヘルスのケアは誰にでも必要なもの」という認識を社内に広める取り組みと合わせて制度を周知することが重要です。
「会社からの命令」にならないよう配慮する
「カウンセリングを受けるように」という会社からの働きかけが、業務命令として受け取られてしまうケースがあります。受診を強制することは、本人の自律性を侵害するとともに法的リスクにもなりかねません。あくまでも本人の自発的な意思を尊重する姿勢を崩さないようにしてください。
費用対効果をどう考えるか
「費用対効果が見えにくい」というのは、多くの経営者・人事担当者が抱える正直な悩みです。しかし、メンタルヘルス対策への投資を怠った場合のコストを考えると、その意義は明確です。
1人の従業員が休職した場合、代替要員の確保コスト、生産性の低下、復職支援にかかる費用などを合計すると、年間数百万円規模のコストが発生するケースもあると指摘されています。加えて、訴訟リスクや企業イメージの低下といった無形のコストも存在します。
EAP導入の効果測定をする場合は、導入前に指標（KPI）を設定しておくことが重要です。たとえば、休職者数、離職率、ストレスチェックの高ストレス者割合、EAPの利用率などを定点観測し、定期的に見直す仕組みを設けることで、費用対効果の検証が可能になります。
実践ポイントまとめ：今日から始められること
- まず法的義務を確認する：50人以上の事業場はストレスチェックと高ストレス者への面接指導費用の負担を確認してください
- 公的リソースをフル活用する：産業保健総合支援センター（無料）や自治体の相談窓口を社内に案内するだけでも第一歩になります
- 制度化する際は全員対象で：特定個人への費用補助は給与課税リスクがあるため、全従業員を対象とした制度として規程に明記しましょう
- 税務処理は専門家に確認：福利厚生費として処理できる条件を顧問税理士に確認し、適切な処理を行ってください
- 匿名性の仕組みを最初に設計する：情報管理のルールを明確にしてから制度を周知しないと、誰も使わない制度になってしまいます
- 費用負担だけで終わらせない：カウンセリング費用の負担は対策の一部。職場環境の改善・上司のマネジメント研修・業務量の適正化といった総合的な取り組みと組み合わせることが不可欠です
カウンセリング費用の会社負担は、従業員の心身の健康を守るための投資であり、安全配慮義務を果たすための実践的な手段の一つです。完璧な制度を一気に整備しようとするのではなく、自社の規模・予算・課題に合わせて、できることから着実に取り組んでいくことが大切です。
「まず何から始めればよいかわからない」という場合は、産業保健の専門家や社会保険労務士に相談することを検討してみてください。外部の専門家の視点を借りることで、自社に合った現実的な制度設計への道筋が見えてくるはずです。
よくある質問（FAQ）
カウンセリング費用を会社が負担した場合、従業員に税金はかかりますか？
全従業員が利用できる制度として設計し、社会通念上妥当な金額の範囲内であれば、福利厚生費として処理でき、従業員に給与課税はされない可能性があります。一方、特定の従業員にのみ費用を支給する場合は給与として課税される場合があります。具体的な処理については顧問税理士や税務署に確認することをお勧めします。
従業員が50人未満の小規模企業でも、カウンセリング費用を会社負担にすべきですか？
法律上の義務としてはストレスチェック実施は努力義務にとどまりますが、労働契約法上の安全配慮義務はすべての事業者に適用されます。費用負担が難しい場合でも、産業保健総合支援センター（無料）や自治体の相談窓口を案内するだけでも対策の第一歩になります。
EAPを導入すれば安全配慮義務を果たしたことになりますか？
EAPの導入はメンタルヘルス対策の重要な手段ですが、それだけで安全配慮義務を完全に果たしたことにはなりません。職場環境の改善、業務量の適正化、管理職のマネジメント研修など、総合的な対策と組み合わせることが必要です。職場の根本的な問題が解決されていない状態では、法的リスクが残る可能性があります。
カウンセリングの内容を会社（人事・上司）が把握することはできますか？
本人の同意なくカウンセリングの内容を会社が把握することは、プライバシーの侵害につながる可能性があり、制度への信頼を損ないます。情報共有の範囲はあらかじめルールとして明文化し、本人に十分説明したうえで、本人の同意に基づく範囲内にとどめることが重要です。
