従業員が病気やメンタルヘルスの不調によって長期間休職する事態は、中小企業でも決して珍しくありません。しかし、いざ休職者が出ると「給与はどうするのか」「社会保険料は誰がどう払うのか」「傷病手当金の手続きは会社がやるべきなのか」といった疑問が次々と浮かび上がり、担当者が対応に追われるケースが多く見られます。
特に就業規則に休職規定が整備されていない、あるいは規定があっても内容が曖昧な中小企業では、その都度個別判断を迫られることになります。対応の遅れや誤りは、従業員との信頼関係の損傷や、未払い保険料の回収困難といったトラブルに直結しかねません。
本記事では、長期休職者が出た際に経営者・人事担当者が押さえておくべき給与と社会保険料の取り扱いについて、法律・制度の要点を整理しながら実務的な視点で解説します。
休職中の給与：「無給が原則」だが根拠は就業規則にある
まず多くの経営者が最初に気になる「給与を支払い続けなければならないのか」という問いに答えると、休職中の給与支払いを義務づける法律の規定はありません。労働基準法は「ノーワーク・ノーペイの原則」（働いていない期間に対して賃金を支払う義務はないという考え方）を基本としており、業務外の傷病による休職については、給与を支払わないとしても法的に問題はないとされています。
ただし重要なのは、給与の取り扱いは就業規則や雇用契約の定めに従うという点です。就業規則に「休職中は無給とする」と明記されていれば無給での対応が可能ですが、規定がない場合や「給与を支払う」と読める記載がある場合は、その内容に拘束されます。
実務上の選択肢としては次のようなパターンが考えられます。
- 完全無給：傷病手当金（後述）を受給できるため、本人の収入はゼロにはならないケースが多い
- 一部支給：月額の一定割合を支給する形。ただし支給額が傷病手当金の計算基準（標準報酬日額の3分の2）を上回ると、傷病手当金が支給されなくなる点に注意
- 有給休暇の先行消化：休職に入る前に本人の意向で有給休暇を消化する方法。有給期間中は通常の給与が発生する
いずれのパターンを採用する場合でも、休職期間中の給与の扱いを就業規則に明記しておくことが後々のトラブル防止に不可欠です。
社会保険料の取り扱い：休職中も「免除はない」ことを正しく理解する
社会保険（健康保険・厚生年金保険）の保険料については、よくある誤解が存在します。それは「休職中は社会保険料がかからない」というものです。しかし実際には、休職中であっても雇用関係が継続している限り、被保険者としての資格は失われず、保険料は毎月発生し続けます。しかも保険料は労使折半が原則のため、会社側の負担も継続します。
なお、育児休業や介護休業を取得した場合は申出によって保険料の免除制度が適用されますが、傷病による休職にはこの免除制度が存在しません。この違いを混同しているケースが散見されるため、注意が必要です。
問題は無給になった場合の「本人負担分の保険料をどう徴収するか」という点です。給与がないため天引きができず、会社が一度立て替えて後から回収するか、毎月本人に振り込んでもらうかのいずれかになります。主な対応方法は以下の3つです。
- 毎月振込依頼：本人に月ごとの保険料を銀行振込などで納付してもらう方法。手間がかかるが未払いリスクを最小化できる
- 復職後に分割控除：会社が一時立て替えを行い、復職後の給与から数ヶ月に分けて控除する方法。本人への負担が分散される一方、退職となった場合に回収困難になるリスクがある
- 会社が一時立替・退職時精算：退職時に一括精算する方法。金額が大きくなると回収できないリスクが高まるため、注意が必要
どの方法を選択するにしても、休職開始時に書面で本人と合意しておくことが必須です。口頭での取り決めは後日「言った・言わない」のトラブルに発展しやすく、書面に残すことで双方の認識を一致させることができます。
傷病手当金：申請主体は「本人」、会社の役割は証明欄への記載
休職者本人の収入を補う制度として重要なのが、健康保険の傷病手当金です。業務外の病気やケガで仕事に就けず、4日以上連続して休業した場合に支給されます（最初の3日間は「待期期間」として支給対象外）。
支給額は標準報酬日額（過去12ヶ月の平均月収を日割りにした金額）の3分の2が基準です。支給期間は2022年1月の法改正によって「支給開始日から通算1年6ヶ月」となり、途中で就労できる状態になって受給が止まっていた期間があっても通算でカウントされる仕組みになっています。
ここで注意が必要なのは申請主体の問題です。傷病手当金を申請するのは会社ではなく、被保険者本人（休職している従業員）です。しかし申請書には「事業主の証明欄」があり、会社側が出勤日数や賃金の支払い状況について記入・押印する義務があります。
休職中は本人が体調不良で手続きが思うように進まないケースも多いため、会社側が積極的に情報提供やサポートを行うことが望ましいといえます。具体的には以下のような対応が効果的です。
- 申請書の書き方や提出先（加入している健康保険組合または協会けんぽ）を本人に案内する
- 1〜3ヶ月分をまとめて申請できることを伝え、タイミングを調整する
- 事業主証明欄への記入は速やかに対応できる体制を整えておく
- 主治医の「療養担当者の証明」が必要なことを本人に伝え、受診時に医師へ依頼するよう促す
なお、会社が給与を一部支給している場合は傷病手当金との調整が発生します。支給されている給与の日額が傷病手当金の日額を上回る日については、傷病手当金は支給されません。給与支給水準と傷病手当金の関係は事前に確認しておくと、本人への説明もスムーズになります。
従業員のメンタルヘルス不調による長期休職が心配な場合は、メンタルカウンセリング（EAP）の導入によって早期のケアと復職支援を行う方法も有効です。
住民税と雇用保険：見落としがちな2つの取り扱い
住民税の特別徴収が維持できない場合の対応
通常、住民税は給与から天引きする「特別徴収」の形で納付しますが、休職で給与が支払われなくなると天引きができなくなります。この場合、本人が自分で納付する「普通徴収」へ切り替える手続きが必要です。
手続きとしては、市区町村に「給与支払報告・特別徴収に係る給与所得者異動届出書」を提出します。あわせて本人に対して「今後は自分で納付書を受け取って支払う形になる」旨を丁寧に説明しておかないと、納付漏れが生じてトラブルになることがあります。
雇用保険料の取り扱い
雇用保険料は賃金の支払いに応じて発生するものです。そのため、無給の休職期間中は雇用保険料は発生しません。給与が一部支給されている場合は、その支払い賃金の額に応じて保険料が生じます。社会保険（健康保険・厚生年金）と混同しないよう注意してください。
長期化した場合の対応：復職・退職の判断と就業規則の整備
休職が数ヶ月を超えて長期化すると、会社側の雇用コスト負担が無視できない水準になるとともに、「いつまで待てばよいのか」という判断の問題が浮上します。この場面で頼りになるのが、就業規則に定められた休職の上限期間と自然退職（休職満了時の退職）の規定です。
多くの企業では勤続年数に応じて休職期間の上限を段階的に設定しています（例：勤続1年未満は3ヶ月、1〜3年は6ヶ月、3年以上は1年など）。期間満了時に復職できない場合は「自然退職」となる旨を明記しておくことで、解雇に頼らない形で雇用関係を終了させる道筋が整います。
ただし、この仕組みが適切に機能するためには以下の条件が揃っている必要があります。
- 就業規則に休職事由・期間上限・復職条件・自然退職規定が明確に記載されている
- 休職開始時に本人へ規定の内容を書面で説明し、理解を得ている
- 定期的な状況確認（月1回程度）と記録の保持が行われている
- 復職判断には主治医の意見書に加えて、産業医（専門の医師）の意見を参考にするプロセスが整っている
50人以上の事業場には産業医の選任が法律で義務づけられていますが、それ未満の中小企業でも産業医サービスを活用することで、復職可否の医学的判断や職場復帰支援のアドバイスを得ることができます。
退職となった場合には、本人への案内事項も複数あります。
- 健康保険の任意継続：退職後20日以内に申請することで、退職後2年間は健康保険を継続できる（保険料は全額自己負担）
- 国民健康保険への加入：任意継続を選ばない場合は退職日の翌日から14日以内に手続きが必要
- 傷病手当金の継続受給：資格喪失時点で傷病手当金を受給中であれば、退職後も引き続き受給できる場合がある（受給開始日から通算1年6ヶ月を限度とする）
実践ポイント：今すぐ整備すべき5つの対応
長期休職者が発生した際に慌てないために、以下の5点を優先的に整備・確認してください。
- 就業規則の休職規定を整備する：休職事由・期間・給与の扱い・復職条件・自然退職規定を明文化する。既存の規定がある場合も内容の過不足を確認する
- 休職開始時に書面で合意を取る：給与の取り扱い、保険料の支払い方法、連絡の頻度と方法などを書面で確認し、双方が署名・押印した書類を保管する
- 傷病手当金の申請サポート体制を整える：本人が申請しやすいよう案内資料を用意し、事業主証明欄への対応は迅速に行える仕組みを作る
- 住民税の切り替え手続きを速やかに行う：無給になったタイミングで市区町村への届出を済ませ、本人への説明も忘れずに行う
- 定期的な状況確認と記録保持を行う：月1回程度のコンタクトを維持し、復職の見通しや健康状態の変化を記録しておく。連絡が取れない場合の対応手順も事前に定めておく
まとめ
長期休職者の給与・保険料の取り扱いは、法律上の義務と就業規則上の取り決め、そして実務上の手続きが複雑に絡み合う領域です。重要なポイントを改めて整理します。
- 休職中の給与支払い義務は法律に明記されておらず、就業規則・雇用契約の内容が基準となる
- 社会保険料（健康保険・厚生年金）は休職中も発生し続け、傷病休職には免除制度がない
- 傷病手当金の申請主体は本人であり、会社は事業主証明欄への記載を担う
- 住民税は無給になった時点で普通徴収へ切り替える手続きが必要
- 長期化への備えとして、休職規定の整備と書面による合意が最も重要な対策となる
いずれの対応も「事後に慌てて対処する」よりも「あらかじめ仕組みを整えておく」ことで、会社と従業員双方の負担を大幅に軽減できます。休職規定の見直しや産業保健体制の整備を機に、自社の就業規則と運用フローを一度点検してみることをお勧めします。
よくある質問（FAQ）
休職中の従業員の社会保険料は、会社が全額負担しなければなりませんか？
いいえ、社会保険料（健康保険・厚生年金）は休職中も労使折半が原則です。会社は本来の会社負担分を支払いますが、本人負担分については本人が支払う義務があります。無給の場合は給与天引きができないため、毎月振込依頼する、復職後に分割控除するなど、支払い方法を休職開始時に書面で取り決めておくことが重要です。
傷病手当金の申請は、会社が代わりに行う必要がありますか？
傷病手当金の申請主体は、休職している従業員本人（被保険者）です。会社が代わりに申請する義務はありません。ただし申請書には「事業主の証明欄」があり、会社は出勤日数や賃金の支払い状況を記入・証明する義務があります。本人が体調不良で手続きが難しい場合は、書類の案内や記入サポートを積極的に行うことが望ましいといえます。
就業規則に休職規定がない場合、どのように対応すればよいですか？
就業規則に休職規定がない場合、休職の可否・期間・給与の扱いなどをすべてその都度個別に判断しなければならず、従業員間の不公平やトラブルの原因になります。まずは早急に就業規則を整備することが最優先です。整備までの間は、弁護士や社会保険労務士に相談しながら個別の書面合意で対応することをお勧めします。また、規定を新設・変更する際は労働基準監督署への届出が必要です。
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