「36協定、実は間違えてる人が多い」締結から届出まで中小企業がつまずくポイントを完全解説

「残業をお願いしたいが、36協定はちゃんと結んでいるだろうか」——人事担当者であれば、一度はこうした不安を抱えたことがあるのではないでしょうか。36協定は、法定労働時間を超えて従業員に働いてもらうために欠かせない労使協定です。しかし、締結方法や届出手続きの細かいルールを正確に把握している中小企業は、決して多くありません。

実態として、「協定を一度結んだきり更新を忘れていた」「労働者代表の選び方が誤っていた」「パートタイマーは対象外だと思っていた」といった誤りが、労働基準監督署（以下、労基署）の調査で発覚するケースが後を絶ちません。違反が発覚した場合、6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金が科される可能性があるだけでなく、是正勧告や企業名の公表といったリスクも伴います。

本記事では、中小企業の経営者・人事担当者に向けて、36協定の締結方法と届出手続きを実務の視点から丁寧に解説します。正しい知識を身につけ、安心して労務管理に臨んでいただくための一助となれば幸いです。

そもそも36協定とはなにか——締結が必要な場面を整理する

36協定とは、労働基準法第36条に基づく「時間外・休日労働に関する労使協定」のことです。読み方は「さぶろくきょうてい」で、条文番号からこの名称が定着しました。

労働基準法第32条は、使用者が労働者に課せることのできる労働時間の上限を1日8時間・週40時間（これを「法定労働時間」といいます）と定めています。この上限を超えて働かせる場合、または法定休日（週1日もしくは4週4日）に働かせる場合には、あらかじめ労使間で36協定を締結し、所轄の労基署に届け出ていなければなりません。

ここで注意が必要なのは、「法定労働時間」と「所定労働時間」の違いです。所定労働時間とは、就業規則などで定めた会社独自の始業・終業時刻から算出した労働時間です。たとえば、会社の所定労働時間が「1日7時間」であれば、7時間を超えても8時間に達するまでの残業（法定内残業）については、36協定がなくても違法にはなりません。36協定が必要になるのは、あくまで法定労働時間（1日8時間・週40時間）を超える場合です。

また、雇用形態は問いません。正社員だけでなく、パートタイマーやアルバイトも含め、法定労働時間を超えて働かせる場合はすべて36協定の対象となります。「パートは短時間勤務だから関係ない」という認識は誤りですので、注意が必要です。

時間外労働の上限規制——特別条項付き協定のルールを正確に理解する

2018年の働き方改革関連法により、時間外労働の上限規制が法律に明記されました（大企業は2019年4月、中小企業は2020年4月から適用）。それ以前は、特別条項を設ければ事実上青天井で残業させることが可能でしたが、現在はそれが許されません。

原則の上限時間

36協定で定める時間外労働の上限は、原則として月45時間以内・年360時間以内です。これを超える協定内容を届け出ても、その部分は法的な効力を持ちません。

特別条項付き協定が必要な場合

繁忙期や納期集中など、臨時的・特別な事情により原則の上限を超えることが見込まれる場合は、「特別条項付き36協定」（様式第9号の2）を締結する必要があります。ただし、特別条項を設けた場合にも以下の上限が適用されます。

• 年間の時間外労働：720時間以内（休日労働を除く）
• 月の時間外労働＋休日労働：100時間未満
• 2ヶ月〜6ヶ月の平均：いずれも月80時間以内（時間外労働＋休日労働）
• 原則の上限（月45時間）を超えられるのは年6回まで

これらの条件はすべて同時に満たさなければなりません。「年720時間を超えなければ大丈夫」という理解は不十分です。月単位・複数月平均の要件も並行して管理する必要があります。

なお、建設業・自動車運転業務・医師については、2024年4月から上限規制の適用が開始されましたが、業種ごとに異なる経過措置や特例があるため、該当業種の事業者は個別に確認されることをお勧めします。

36協定の締結方法——労働者代表の選び方が最大のポイント

36協定は、使用者と労働者側の代表が合意して締結するものです。労働組合がある企業では、過半数組合（事業場の労働者の過半数を組織する労働組合）が締結当事者となります。労働組合がない企業——中小企業の多くはこちらに該当します——では、労働者の過半数を代表する者（以下、労働者代表）を選出する必要があります。

労働者代表の選出要件

労働者代表には、以下の2つの要件を両方満たす必要があります。

• 要件①：管理監督者でないこと
  労働基準法第41条に定める「管理監督者」（労働時間規制が適用除外される立場）は、労働者代表になれません。ただし、「課長」や「部長」といった肩書きのある社員がすべて管理監督者に該当するわけではありません。実態として労働条件の決定に関与する権限や待遇があるかどうかが判断基準となるため、肩書きだけで判断しないことが重要です。
• 要件②：民主的な手続きによって選出されていること
  36協定の締結を目的として、投票・挙手・回覧など民主的な方法で選ばれた者でなければなりません。使用者が一方的に「あなたが代表です」と指名したり、親睦会の幹事が自動的に労働者代表を兼ねるといった運用は無効です。

選出の経緯は記録として残しておくことを強くお勧めします。労基署の調査時に「誰をどのような方法で選んだか」を説明できないと、協定そのものの有効性が疑われる可能性があります。

協定に記載すべき事項

36協定には、以下の内容を必ず記載します。

• 時間外・休日労働をさせる業務の種類
• 対象となる労働者数
• 1日・1ヶ月・1年の延長時間（または休日労働の日数）
• 協定の有効期間（通常は1年間）
• 特別条項を設ける場合は、臨時的な特別事情の内容・回数・上限時間

業務の種類はできるだけ具体的に記載することが望まれます。「その他一切の業務」のような包括的な記載は、労基署の指導対象になる場合があります。

届出手続きの実務——様式・提出先・電子申請の注意点

使用する様式

36協定の届出には、厚生労働省が定めた様式を使用します。

• 様式第9号：一般条項のみの場合
• 様式第9号の2：特別条項を設ける場合

2021年4月からは新様式に統一され、上限規制の遵守状況を確認するためのチェックボックスや、時間数の記入欄の構成が変更されています。古い様式を使い回している場合は、厚生労働省のホームページから最新版を入手してください。

届出先と提出方法

届出先は、事業場（各営業所・工場など）の所在地を管轄する労働基準監督署です。本社ではなく、実際に労働者が働いている事業場ごとに届出が必要である点に注意してください。

複数の事業所を持つ企業では、原則として事業所ごとに締結・届出が必要です。ただし、同一の労基署管轄内に複数の事業所がある場合、一括届出が認められるケースもあります。事前に所轄の労基署に確認することをお勧めします。

提出方法は以下の3種類です。

• 窓口持参：即日受理印がもらえる
• 郵送：返信用封筒を同封すれば控えの返送を受けられる
• e-Gov電子申請：GビズIDなどのアカウントが必要。受理通知・受付番号がデータで保存でき、控え管理がしやすい

電子申請は利便性が高い一方、アカウント登録や電子署名の要否など事前準備が必要です。初めて利用する場合は、厚生労働省やe-Govのサポートページを参照しながら操作を進めることをお勧めします。

有効期間と更新のタイミング

36協定の有効期間は通常1年間です。有効期間が切れると協定の効力は消滅し、自動更新はありません。期限が過ぎた状態で時間外労働をさせると、36協定がない状態と同じく労働基準法違反となります。

毎年度末に更新手続きを行うよう、社内のスケジュールに組み込んでおくことが重要です。有効期限の1〜2ヶ月前には手続きを開始し、期限切れが生じないよう管理してください。

書類の保存義務

締結した協定書および届出書の写しは、協定の有効期間終了から3年間保存することが義務付けられています（2020年の法改正により、旧来の2年から延長）。受理印が押された控えや、電子申請の受付番号の記録は必ず保管してください。

よくある誤りと罰則リスク——見落としがちな落とし穴

実務上、中小企業でとくに多い誤りをいくつか取り上げます。

「就業規則があれば36協定は不要」という誤解

就業規則に「業務上の必要があれば残業を命じることがある」と定めていても、36協定の締結・届出は別途必要です。就業規則は社内ルールであり、36協定は法律上の要件です。両者を混同しているケースが散見されますが、協定なしに法定外残業をさせた場合、労働基準法違反として6ヶ月以下の懲役または30万円以下の罰金が科される可能性があります。

「特別条項があれば上限なし」という誤解

前述のとおり、2019年（中小企業は2020年）以降は特別条項付きでも上限規制が適用されます。「特別条項をつけておけば安心」という認識は、現行法では通用しません。

名ばかり管理職の取り扱い

肩書きは「課長」でも、実態として出退勤の裁量がなく、給与水準も一般社員と大差ない場合、労基法上の管理監督者とは認められません。このような社員を誤って協定の対象外とすると、未払い残業代の問題や労基署の指導につながるリスクがあります。

控えの未保管

受理印付きの控えや電子申請の受付番号を保管していないと、届出の事実を証明できません。万一、労基署の調査や訴訟が起きた際に不利になるため、確実に保存しておくことが必要です。

実践ポイント——今日からできる36協定管理の改善策

最後に、実務に取り入れやすい改善策をまとめます。

• 有効期限をカレンダーに登録する：36協定の有効期限と更新手続き開始日をグループウェアや紙の社内カレンダーに登録し、見落としを防ぐ。
• 労働者代表の選出記録を残す：選出方法（投票・挙手など）、参加者数、結果を記録した文書を協定書と一緒に保管する。
• 毎月の残業時間を集計・確認する：特別条項の発動回数や2〜6ヶ月平均の管理は、月次の勤怠集計がなければできません。勤怠管理システムの活用を検討する。
• 最新様式を使用する：古い様式を使い回さず、手続きのたびに厚生労働省のホームページで最新版を確認する。
• 複数事業所の担当者間で情報共有する：各事業所の有効期限・届出状況を一覧管理し、抜け漏れを防ぐ。
• 不明点は所轄の労基署に確認する：電子申請の方法や一括届出の可否など、迷った際は管轄労基署に問い合わせることが確実です。

まとめ

36協定は、法定労働時間を超えて従業員に働いてもらうための法的な根拠であり、労務管理の根幹をなす書類です。締結・届出のプロセスには、労働者代表の適正な選出、正確な様式の使用、事業場ごとの届出、有効期間内の更新といった複数の要件が絡み合っています。

特に重要なのは、協定は一度結んで終わりではなく、毎年更新が必要であるという点と、2020年以降は特別条項付きの協定にも法定上限が適用されるという点です。これらを見落とすと、知らないうちに法違反の状態が続くことになりかねません。

本記事で解説した内容をもとに、自社の36協定の現状を一度点検してみてください。不明な点については、所轄の労働基準監督署や社会保険労務士に相談することで、より確実な対応が可能となります。適切な36協定の運用は、従業員が安心して働ける職場環境の整備にも直結します。

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