2019年4月の労働基準法改正から数年が経過した今も、有給休暇の時季指定義務に関する実務運用で頭を悩ませている中小企業の経営者・人事担当者は少なくありません。「従業員が自分で取得しているから大丈夫」「繁忙期に申請が来たら断ればいい」といった認識のまま運用を続けていると、知らぬ間に労働基準法違反を犯している可能性があります。
本記事では、年次有給休暇の時季指定義務の基本から、管理簿の作成・保存、計画的付与の活用方法、よくある誤解まで、実務に直結する情報を体系的に解説します。人事担当者が明日から使える知識として、ぜひ最後までお読みください。
そもそも「時季指定義務」とは何か――法改正の要点を整理する
2019年4月に施行された改正労働基準法により、使用者（会社）は年次有給休暇が年間10日以上ある従業員に対して、その年の基準日から1年以内に少なくとも5日分の有給休暇を取得させる義務を負うことになりました。これが「時季指定義務」と呼ばれる制度です。
重要なのは、この義務が「従業員が取得できる環境を整える」といった努力義務ではなく、確実に取得させることを会社に課した強制義務である点です。違反した場合の罰則は30万円以下の罰金ですが、注意が必要なのはこれが「違反した従業員1人につき」発生するという点です。仮に10人分の義務を果たせなかった場合、理論上は最大300万円の罰金が科される可能性があります。
法律の条文（労働基準法第39条）では、時季指定の手順として以下の流れが定められています。
- 使用者が従業員に対して取得時季についての意見を聴く
- その意見を尊重するよう努める
- 意見を踏まえた上で時季を指定する
つまり、使用者が一方的に「この日に取得しなさい」と命じるのではなく、あくまでも従業員の希望を聴いた上で時季を調整することが求められます。時季指定は「5日取得が達成できない場合の最終手段」と位置づけるのが適切な理解です。
5日取得義務の「カウント方法」と管理の仕組み
実務上よく混乱するのが、「何をもって5日のカウントとするか」という点です。年5日の取得は、以下3つの取得方法の合計で達成することができます。
- 従業員が自発的に申請して取得した日数
- 計画的付与（労使協定）によって取得した日数
- 使用者が時季指定して取得させた日数
この3つを合算して年5日を満たせばよいため、従業員が既に4日間自発的に有給を取得している場合は、残り1日を時季指定すれば義務を果たしたことになります。
ここで重要なのが年次有給休暇管理簿の作成・保存義務です。労働基準法施行規則第24条の7では、使用者に対して年次有給休暇管理簿の作成と3年間の保存を義務づけています。この管理簿には以下の3項目を必ず記載しなければなりません。
- 時季（いつ取得したか）
- 日数（何日取得したか）
- 基準日（その従業員の有給休暇が発生した日）
管理簿は紙でも電子データでも構いません。給与台帳と一体で管理することも認められており、既存の勤怠管理システムや給与計算ソフトに記録として組み込む方法が実務的にも効率的です。「管理している」という事実を記録として残すことが、万が一の労働基準監督署の調査に備える上でも不可欠です。
繁忙期と有給申請が衝突したとき――時季変更権の正しい使い方
「繁忙期に従業員から有給の申請が来たが断れるか」という相談は、人事担当者から最もよく寄せられる疑問の一つです。結論から言えば、有給申請そのものを拒否することは原則としてできません。
労働基準法が使用者に認めているのは「時季変更権」です。時季変更権とは、従業員が申請した特定の日について「事業の正常な運営を妨げる場合」に限り、別の日に変えてもらうよう求めることができる権利です。取得自体を拒否する権利ではありません。
「事業の正常な運営を妨げる場合」とは、具体的には以下のような状況が該当すると考えられています。
- その従業員しかできない業務があり、代替者の確保が不可能な場合
- 繁忙期の特定日に集中して複数の従業員が申請し、業務継続が困難になる場合
重要なのは、「忙しいから」というだけでは時季変更権の行使は認められないという点です。裁判例でも、時季変更権の行使には業務への具体的な支障が必要であるとされています。また、時季変更権を行使する場合も、変更先の日程については従業員と誠実に協議することが求められます。
繁忙期への対応策としては、あらかじめ「計画的付与」を活用して閑散期に有給取得を促す仕組みを整えることが、長期的には最も効果的なアプローチです。
計画的付与制度の導入手順と運用上の注意点
計画的付与とは、労使協定（会社と従業員代表または労働組合との間で締結する協定）を締結することで、夏季休暇や年末年始、ゴールデンウィークなどに有給休暇を一斉または個別に取得させる制度です。中小企業においても、比較的取り組みやすい管理効率化の手段として注目されています。
ただし、計画的付与にはいくつかの重要なルールがあります。
計画的付与の対象となるのは「5日を超える部分」のみ
年次有給休暇のうち、5日分は従業員が自由に使える権利として確保しておく必要があります。それを超える分についてのみ、計画的付与の対象にできます。たとえば10日の有給を持つ従業員であれば、最大5日分を計画的付与に充てることができます。
有給日数が5日以下の従業員への対応
入社間もない従業員や、パート・アルバイトで比例付与日数が少ない場合、計画的付与の対象となる日数が存在しないことがあります。この場合は、特別有給休暇として別途付与して対応するか、計画的付与の対象外とする旨を就業規則や協定書に明記しておく必要があります。
労使協定締結の手続き
計画的付与を行うには、就業規則への規定と労使協定の締結が必要です。労使協定には、計画的付与の対象となる休暇日や日数、適用対象者などを具体的に定めます。この協定書は労働基準監督署への届出は不要ですが、3年間の保存が求められます。
パート・アルバイトへの有給休暇付与と時季指定義務の適用
正社員以外の従業員への有給休暇適用については、「パートは有給がない」という誤解が根強く残っています。しかし実際には、週1日以上勤務するパート・アルバイトにも有給休暇の付与義務があります。
付与日数は週所定労働日数・時間数に応じて決まります。週30時間以上、または週5日以上勤務する場合はフルタイム従業員と同じ日数が付与されます。それ未満の場合は比例付与の表（厚生労働省の定める基準）に基づいて計算します。
時季指定義務（年5日取得させる義務）については、年間10日以上の有給休暇が付与される従業員が対象となります。週4日勤務の従業員は入社6か月時点で7日付与されるため、この時点では5日義務の対象外ですが、勤続年数が増えて付与日数が10日以上になれば対象となります。
パート・アルバイトについても有給の付与状況と取得状況を個別に管理簿で記録・管理する義務があることを忘れないようにしましょう。パート従業員が増えている企業ほど、管理の煩雑さに対して早めにシステム的な対応策を講じることが重要です。
従業員のメンタルヘルスに問題を抱えている場合、有給休暇の取得促進と合わせて専門的なサポートを導入することも効果的です。メンタルカウンセリング（EAP）を活用することで、休職予防や職場復帰支援と組み合わせた包括的な健康管理が実現できます。
実践ポイント：今日から始める有給管理の改善ステップ
理解を実務に落とし込むために、具体的な改善ステップをまとめます。
ステップ1：全従業員の基準日と付与日数を一覧化する
まず、全従業員の有給休暇基準日（付与された日）と付与日数を把握することから始めます。入社日がバラバラで管理が煩雑な場合は、基準日の統一化（全社統一の基準日への前倒し付与）を検討しましょう。統一化することで管理の手間が大幅に軽減されます。前倒し付与の場合は法定日数以上を付与する必要がある点に注意が必要です。
ステップ2：年次有給休暇管理簿を整備する
現在、管理簿を作成していない場合は早急に整備が必要です。エクセルでのシンプルな管理表でも構いません。基準日・時季・日数の3項目を網羅した上で、誰がいつ何日取得したかを月次で更新する運用フローを確立してください。3年間の保存義務があることも忘れずに。
ステップ3：年間の取得計画を早期に立てる
年度初め（基準日）に、従業員ごとの取得見込みを確認し、5日に満たない場合は早めに意見を聴取して取得時季を調整します。年度末に慌てて一括指定するのは、従業員との信頼関係を損なうリスクがある上に、手続き上の問題も生じやすくなります。
ステップ4：よくある誤解を社内で共有する
管理職・上司層が「有給は断れる」「繁忙期は取得させなくていい」と誤解していると、現場レベルでの法令違反が続きます。管理職向けの社内勉強会や通達によって、時季変更権の正しい行使方法や取得義務の趣旨を周知することが重要です。
ステップ5：就業規則・労使協定を見直す
計画的付与を導入したい場合は、就業規則への規定追加と労使協定の締結が必要です。現在の就業規則が法改正に対応していない場合は、社会保険労務士などの専門家に相談しながら見直しを行いましょう。
なお、有給取得率の向上と並行して、職場環境や従業員の健康状態を包括的に管理するためには産業医サービスの活用も有効な選択肢です。産業医が定期的に職場巡視や健康相談を行うことで、過重労働や休職リスクの早期発見にもつながります。
まとめ
有給休暇の時季指定義務は、2019年の法改正から一定の年数が経過しているにもかかわらず、実務対応が追いついていない中小企業が依然として見受けられます。「従業員が自主的に取っているから大丈夫」「繁忙期は断れる」といった誤解が残っている職場では、知らない間に法違反の状態が続いている可能性があります。
義務の核心は「年10日以上の有給を持つ従業員に、基準日から1年以内に確実に5日取得させること」です。そのためには、管理簿の整備、年間を通じた計画的な管理、計画的付与制度の活用、パート・アルバイトを含めた全従業員への適切な対応が必要です。
罰則リスクを回避するだけでなく、従業員が適切に休暇を取得できる職場環境を整えることは、採用力の向上や離職率の低下にもつながります。今一度、自社の有給管理の仕組みを点検し、必要であれば改善に着手することをお勧めします。
よくある質問
Q. 年の途中で入社した従業員にも時季指定義務は発生しますか？
入社から6か月経過時点で年次有給休暇が付与されますが、付与日数が10日以上になった場合に初めて時季指定義務が生じます。たとえば正社員として入社した場合、6か月後に10日付与されるため、その基準日から1年以内に5日取得させる義務が発生します。パート・アルバイトの場合は週所定労働日数によって付与日数が異なるため、10日以上になるタイミングを個別に把握する必要があります。
Q. 時季指定義務を果たせなかった場合、会社はどのような罰則を受けますか？
労働基準法第39条に違反した場合、30万円以下の罰金が科される可能性があります。注意が必要なのは、この罰則が「会社全体で1回」ではなく、義務を果たせなかった「従業員1人につき」発生する点です。たとえば10人分の義務を果たせなかった場合、理論上は最大300万円の罰金になり得ます。また、労働基準監督署の是正勧告や指導の対象にもなるため、法令遵守の観点から早期の対応が不可欠です。
Q. 有給休暇を買い取ることで時季指定義務を免れることはできますか？
できません。有給休暇の買い取りは原則として労働基準法で禁止されています（法定日数を超える部分の買い取りや、退職時の残有給の清算などは例外的に認められる場合があります）。時季指定義務はあくまでも「実際に休暇として取得させること」が求められており、金銭による代替は認められていません。「買い取ったから大丈夫」という認識は法律上誤りであるため、注意が必要です。
労働法改正への対応や安全衛生管理体制の整備には、INTERMINDの産業医サービスが力になります。専門家による継続的なサポートで法令対応を進められます。
